No dia 1 de Julho de 1969, Dia da Força Aérea Portuguesa, o Museu do Ar era oficialmente inaugurado abrindo apenas ao público em 1971. A ideia da sua criação já vinha desde o início do séc. XX e a coleção, por ordem do Ministério da Marinha, começada a reunir pelo Almirante Gago Coutinho.

Após a localização em diferentes espaços, pela sua crescente dimensão e importância, acabaria por ser exposta num antigo hangar, em Alverca. O espaço tornou-se insuficiente e o atual museu, foi assim inaugurado em 2009, na Granja do Marquês, nos arredores de Sintra, junto à Base Aérea Nº1 com projeto museológico cuidado e preparado de acordo com o acervo que iria receber, alargando a sua ação à aviação civil e por isso incorporando na sua área expositiva, os importantes acervos da TAP e da ANA. A propriedade, Granja do Marquês, foi pertença da Ordem dos Templários até ao séc. XIV altura em que, com a sua extinção, passou para a Ordem de Cristo. Já em setecentos, e segundo a lenda, a Virgem de Nazaré terá aparecido nesta propriedade e com ela a denominação da propriedade para Granja da Nazaré. Essa aparição levou a que o proprietário de então, Jácome de Loureiro, desse início à construção de uma pequena ermida de evocação à mesma Virgem, que no entanto e após aquisição da propriedade por parte do avô do primeiro Marquês de Pombal, seria este, já em 1701, a terminar a sua construção. A granja é então incorporada nas propriedades do Marquês de Pombal e esta ligação ao Primeiro-Ministro de D. José, originou a sua atual designação, Granja do Marquês. A propriedade permaneceu na sua família até 1920, altura em que um grupo de oficiais adquiriu-a transformando-a e alterando a sua função inicial, marcadamente, rural. A Capela, foi então entronizada em Agosto de 1926 pelo Cardeal Patriarca de Lisboa, D. António Mendes Belo, que oferece uma imagem de Nossa Senhora da Assunção consagrando-a como Nossa Senhora do Ar o que foi mais tarde confirmado, após a individualização do ramo da Força Aérea em 1953, pelo Papa João XXIII em 1960. A partir de então, os aviadores portugueses passaram, não só, a ter Nossa Senhora do Loreto padroeira dos aviadores de todo o mundo bem como Nossa Senhora do Ar, padroeira dos aviadores de Portugal. A vasta área da Granja do Marquês, permitiu que em Dezembro de 1927 aqui fosse criada a Base Aérea de Sintra, mais tarde denominada Base Aérea nº. 1, tornando-se numa das Bases Aéreas mais antigas de Portugal. Pela sua área como pela importância histórica foi aqui que, face à exiguidade espacial para manter o museu em Alverca, aproveitando as comemorações quer dos 300 da demonstração do balão de ar quente que Bartolomeu de Gusmão fez no Terreiro do Paço em 1709, a D. João V, quer dos 100 anos da Aviação em Portugal, inaugurou-se o novo Museu do Ar. É este museu, membro da Rede Portuguesa de Museus, da Associação Internacional dos Museus dos Transportes e do Sistema Ibero-Americano de Museus Aeronáuticos e do Espaço. Pela sua qualidade e reconhecimento, a nível internacional, ganhou o "Prémio Museu Português 2013".